Le territoire de Saint-Irénée est accidenté et majoritairement boisé, typique de la région de Charlevoix. L’agglomération est nichée à l’embouchure de la rivière Jean-Noël sur le fleuve Saint-Laurent. La partie de la municipalité située sur le bord du fleuve, où on retrouve la plage, est appelée Saint-Irénée-les-Bains.